从整体剧情来看，我觉得可以分为以下几条主线：矿石病线、各国斗争线、海嗣线，以及北方邪魔线。
矿石病线作为方舟最早的一条线，支撑起了主线0~8章的剧情，这个设定本身也成为了全作的基石之一（虽然现在的存在感日渐下降）。简单来说，泰拉大陆存在一种叫“源石”的物质，这玩意非常生猛，能当能源使用，能当法杖输出（具体原理不明，我暂且这么说了），是“泰拉大陆工业的基础”（游戏内原文）。
另外，通过各种天灾，源石可以实现大规模传播和增殖，现代国家也不得不建造移动城市来让城市躲避天灾。同时，正如吸入煤炭粉尘后会得尘肺病一样，通过吸入、注射、被划伤等方式接触源石的人会患上“矿石病”（也有地方叫源石病，文案貌似不统一），而其中的重灾区就是乌萨斯（该词词源为拉丁语熊科，国家原型自然就是毛子，尤其是沙俄时期的毛子）。
由于国家的不做人行为，感染者的待遇十分恶劣（很多国家都这样），一旦被抓到轻则送去冻原矿场（参考西伯利亚）慢性死亡，重则直接格杀，因此一个为感染者争取权益的组织“整合运动”登上了历史舞台，并变质为恐怖组织，成为我们所在的罗德岛的征讨对象。最终，在经历了整整九章的斗争后（此处过于冗长，建议自行阅读主线剧情），该段主线终于告一段落。
但是，正如罗德岛在历史上的原型医院骑士团（该骑士团的根据地位于希腊的罗德岛上，全名中也含有罗德岛，并和罗德岛一样，初心救死扶伤，实则武德充沛）那样，罗德岛最近在医疗上的进展几乎没有，矿石病依然是绝症，这也是很多人诟病的一点：罗德岛已经忘记了自己的初心。当然这里就见仁见智了。
